Родился 30 января 1949 г. в с. Шаталовка Воронежской (ныне Белгородской) обл. в семье учителя.

В 1966 г. окончил среднюю школу. После службы в рядах Советской Армии поступил в 1970 г. в Ленинградскую духовную семинарию, а затем в 1972-1976 гг. учился в Ленинградской духовной академии, обучаясь одновременно в регентском классе при ЛДАиС.

В 1976 г. пострижен в монашество. В том же году митрополитом Ленинградским и Новгородским Никодимом (Ротовым) рукоположен во иеродиакона, в 1978 г. архиепископом Выборгским Кириллом (ныне Патриарх Московский и всея Руси) — во иеромонаха.

Окончил академию со степенью кандидата богословия и был оставлен профессорским стипендиатом. Несколько лет преподавал церковное пение в семинарии и в регентском классе, а также нес послушание регента хора Ленинградских духовных школ.

Обвинен КГБ в распространении среди семинаристов книги «Архипелаг ГУЛАГ» А. Солженицына и лишен временной ленинградской прописки. В течение года не мог найти нового места служения из-за препятствий, которые чинил КГБ.

С весны 1987 г. по июнь 1988 г. — клирик Владимирского кафедрального собора в Киеве.

С июня 1988 г. — насельник возрожденной Киево-Печерской лавры, с 23 июля 1988 г. — и.о. наместника лавры.

11 октября 1988 г. указом Святейшего Патриарха Пимена возведен в сан архимандрита.

12 октября 1988 г. по благословению Святейшего Патриарха Пимена указом митрополита Киевского и Галицкого Филарета утвержден в должности наместника Киево-Печерской лавры.

Решением Священного Синода от 10 апреля 1989 г. избран епископом Переяслав-Хмельницким, викарием Киевской епархии.

Наречен 22 апреля 1989 г. после всенощного бдения во Владимирском соборе в Киеве. Богослужение совершили митрополиты Киевский и Галицкий Филарет, Львовский и Дрогобычский Никодим, архиепископы Черниговский и Нежинский Антоний, Харьковский и Богодуховский Ириней, Ивано-Франковский и Коломыйский Макарий.

23 апреля 1989 г., в праздник Входа Господня в Иерусалим, за Божественной литургией во Владимирском кафедральном соборе хиротонисан во епископа Переяслав-Хмельницкого. Богослужение совершили Преосвященные архиереи, участвовавшие в наречении.

В 1990 г. назначен управляющим делами Украинского экзархата.

Встал в жесткую оппозицию митр. Филарету (Денисенко), активно выступая против его сепаратистского курса; 23 апреля 1991 г. митр. Филаретом (Денисенко, впоследствии анафематствован) на основании лжесвидетельств был заочно судим и запрещен в священнослужении. 25 августа 1992 г., после низложения митр. Филарета Харьковским Архиерейским Собором Украинской Православной Церкви, Священный Синод УПЦ признал неканоничность прещения в отношении еп. Ионафана.

В апреле 1992 г. создал «Комитет духовенства и мирян в защиту Православия». После избрания митрополита Владимира (Сабодана) восстановлен во всех должностях и назначен управляющим делами УПЦ.

С 1992 г. — епископ Белоцерковский, викарий Киевской епархии.

С 22 июня 1993 г. по июль 2000 г. — управляющий делами УПЦ, постоянный член и секретарь Священного Синода УПЦ.

С 29 декабря 1993 г. — епископ Глуховский и Конотопский.

28 июля 1994 г. возведен сана архиепископа.

С 27 августа 1995 г. — архиепископ Сумской и Ахтырский, с апреля 1999 г. — Херсонский и Таврический.

22 ноября 2006 г. постановлением Синода Украинской Православной Церкви освобожден от управления Херсонской епархией и назначен архиепископом Тульчинским и Брацлавским.

Тезоименитство в Неделю праотец.